月亮洞窟是属于洞穴生物群系的一种，玩家进入洞穴全球扎到蓝蘑菇森林，就可以在后方找到通往远古档案馆群系的道路，在这里的地面都是被变异菌类地皮覆盖，顽疾爱可以在上面种植浆果丛、草丛等植物，不过眼球草这类独特的植物是无法在上面生长。变异真菌地皮也可以通过独特的制作站制作，消耗的材料为月岩和月亮蘑菇，单次制作能得到四个对应的地皮，独特的花纹也是相对适合作为基地装修运用。

在月亮洞窟中玩家的理智值的表现会有所变化，启蒙值是替代了理智值，和处于月岛上相同。启蒙值的上升对应的陆地上的san值下降，在过高的时候，屏幕周围会有泛蓝的表现，同时虚影也会开始出现，在启蒙值大于50%的时候，虚影就会发起攻击。一些生物在这里也会发生改变，当猎犬在月亮洞窟中死亡，就有大概率留下尸体变为恐怖猎犬，在尸变之前可以用火把点燃尸体就能阻止这种情况的发生。

冬季的月亮洞窟也是有着独特生物，在玩家靠近岸边的时候，会以相同的机制生成月岩企鸥跳上岸来，而且主动攻击周围的生物，将其击杀是能掉落冰。月亮洞窟中还存在一些独有的生成物，像是玻璃绿洲和小玻璃绿洲在用镐子开采后，就能得到一些玻璃。居住的生物有着蘑菇地精、球状光虫、裸鼹鼠蝙蝠和胡萝卜鼠，这些特殊的生物击杀后的掉落物也都是特别不错的。